HE染色原理（2）脱氧核糖核酸（DNA）两条链上的磷酸基向外，带负电荷，呈酸性，很容易与带正电荷的苏木精碱性染料以离子键结合而被染色。苏木精在碱性溶液中呈蓝色，所以细胞核被染成蓝色。伊红Y是一种化学合成的酸性染料，在水中离解成带负电荷的阴离子，与蛋白质的氨基正电荷的阳离子结合使胞浆染色，细胞浆、红细胞、肌肉、结缔组织、嗜伊红颗粒等被染成不同程度的红色或粉红色，与蓝色的细胞核形成鲜明对比。伊红是细胞浆的良好染料。
由于组织或细胞的不同成分对苏木精的亲和力不同及染色性质不一样。经苏木精染色后，细胞核及钙盐粘液等呈蓝色，可用盐酸酒精分化和弱碱性溶液显蓝，如处理适宜，可使细胞核着清楚的深蓝色，胞浆等其它成分脱色。再利用胞浆染料伊红染胞浆，使胞浆的各种不同成分又呈现出深浅不同的粉红色。故各种组织或细胞成分与病变的一般形态结构特点均可显示出来。伊红为酸性染料，主要使细胞质和细胞外基质中的成分着红色。广东番红固绿染色方法
在切片染色到封片之前的过程中，乙醇是一个特别常用的脱水脱二甲苯的试剂。在二甲苯中脱蜡不完全的切片组织进入到乙醇中能看到明显的蜡渣沉积会对试剂造成污染，也会影响***制成切片的效果，在操作过程中要特别注意。
二甲苯可以洗去切片组织上的蜡，蜡块是将组织包块后进行切片的必要物质；二甲苯也作为切片染色流程全部完成后，帮助透明让染色图像更加清晰的试剂。
染液的作用：让切片充分的着色，不同的染色方法所使用到的染液和染色时间也各不相同，一般按照自己对实验目的的需要来选用比较好的染色方法或多重染色方法。 天津阿利新蓝染色试剂苏木素VG法：细胞灰黑色，髓鞘灰白色，胶原红色，肌纤维黄色，***细胞浆琥珀黄色，胶质纤维琥珀色。
实验室常用人工染料（6）亚甲蓝或美蓝：
亚甲蓝或美蓝是碱性染料，呈蓝色粉末状，能溶于水(溶解度9.5%)和酒精(溶解度6%)。亚甲蓝是动物学和细胞学染色上十分重要的细胞核染料，其优点是染色不会过深。
甲基绿：
甲基绿是碱性染料。它是绿色粉末状，能溶于水(溶解度8%)和酒精(溶解度3%)。甲基绿是**有价值的细胞和染色剂，细胞学上常用来染染色质，跟酸性品红一起可作植物木质部的染色。
用这些染料配备而成的染液有很多，例如：吕氏(Loeffer)碱性美蓝染液，齐氏(ziehl)石炭酸复红染液等。
实验室常用天然染料1、苏木精苏木精是从南美的苏木（热带豆科植物）干枝中用**浸制出来的一种色素，是**常用的染料之一。苏木精不能直接染色，必须暴露在通气的地方，使他变成氧化苏木精（又叫苏木素）后才能使用，这叫做“成熟”。苏木精的“成熟”过程需时较长，配置后时间愈久，染色力愈强。被染材料必须经金属盐作媒剂作用后才有着色力。所以在配制苏木精染剂时都要用媒染剂。常用的媒染剂有硫酸铝按、钾明矾和铁明矾等。苏木精是淡黄色到锈紫色的结晶体，易溶于酒精，微溶于水和甘油，是染细胞核的优良材料，他能把细胞中不同的结构分化出各种不同的颜色。分化时组织所染的颜色因处理的情况而异，用酸性溶液(如盐酸-酒精)分化后呈红色，水洗后仍恢复青蓝色，用碱性溶液(如氨水)分化后呈蓝色，水洗后呈蓝黑色。2、洋红洋红又叫胭脂红或卡红。一种热带产的雌性胭脂虫干燥后，磨成粉末，提取出虫红，再用明矾处理，除去其中杂质，就制成洋红。单纯的洋红不能染色，要经酸性或碱性溶液溶解后才能染色。常用的酸性溶液有冰醋酸或苦味酸，碱性溶液有氨水、硼砂等。洋红使细胞核的优良染料，染色的标本不易褪色。用作切片或组织块染都适宜，尤其适宜于小型材料的整体染色。 苏木精染液为碱性，主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色。
植物相关常用染色方法（1）：(1)淀粉类：淀粉是植物的主要贮藏物质，它们在各种不同的植物细胞中形成各种形状小同的颗粒。由于碘与淀粉作用可形成碘化淀粉而呈蓝色反应，用碘－碘化钾溶液来测试淀粉粒已成为**常用的方法。
(2)蛋白质类：植物细胞中的蛋白质是构成原生质体的主要成分，也可成为后含物贮存于细胞内，可能是无定形的，也可能成为结晶体或成为糊粉粒。
①较普遍的方法是用碘化钾染色，显微镜下观察可看到被染成黄色的圆球状小颗粒，即为储藏蛋白质的糊粉粒。
②**－溴酚蓝法是检测糊粉粒的**普通方法：在切片上滴加**－溴酚蓝试剂（**10g,溴酚蓝1mg,蒸馏水100ml)1滴，过5分钟后，用0.5%的醋酸冲洗，除去切片上多余的染料，再放在培养皿中水洗5分后用甘油封藏，细胞中如有糊粉粒则被染成鲜蓝色。
③曙红－酒精－苦味酸法也是显示糊粉粒的较好方法：在切片上滴上曙红－酒精－苦味酸试剂（配方曙红1g,溶于苦味酸的95%酒精饱和溶液50ml),镜检，当糊粉粒的基质现出蓝色时，加上数滴纯酒精，此时糊粉粒中球蛋白无色而结晶现出黄绿色，吸去多余酒精，用丁香油透明，加拿大树胶封固，**终蛋白质结晶应为黄色，球蛋白为粉红色，基质为暗红色。 Ziehl-Neelsen抗酸杆菌染色法：抗酸杆菌红色，背景灰蓝色。福建天狼星红染色步骤
砂罗铬花青法：髓鞘呈鲜蓝色，细胞核呈深蓝色，胶原纤维呈粉红色。广东番红固绿染色方法
四川扬克斯特为您介绍病原微生物染色。
***和霉菌：***引起的病变虽然多种多样，但都不具有特异性，且***在HE染色中均显蓝色，故须作***染色。
应用：
在化脓性炎、坏死性化脓性炎及肉芽组织性化脓性炎或化脓性炎伴有巨细胞反应疑为霉菌***时，找到霉菌的菌丝、抱子及菌体即诊断为霉菌性炎。
细菌： 细菌在HE染色上不能分类，故须作细菌染色。
（1）一些疑为细菌***性炎症，可用细菌染色进一步确定病原诊断。如伤寒肉芽肿性炎或葡萄球菌性炎等化脓性炎症的诊断中细菌染色有很重要的诊断价值。
（2）风病与结核病：均由菌体表面含蜡质膜的抗酸杆菌所***形成，故须经抗酸染色才能着色，从而与其它疾病相鉴别。
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