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特殊染色法为了显示与确定组织或细胞中的正常结构或病理过程中出现的异常物质、病变及病原体等，需要分别选用相应的显示这些成分的染色方法进行染色。包括：胶原纤维染色（Masson等）、网状纤维染色、弹力纤维染色、肌肉组织染色（磷钨酸苏木素）、脂肪染色（苏丹Ⅲ）、糖原染色（PAS）、粘液染色（PAS）等。
相关染液：苏丹Ⅲ、Ⅳ，甲苯胺蓝。
病理诊断：***硬化性疾病的观察。 苦味酸-酸性品红法 胶原纤维，肌纤维、细胞质双重染色；胶原纤维红色，肌纤维和红细胞黄色，细胞核蓝褐色。天津天狼星红染色上机
网状纤维染色：网状纤维是非常细而短的纤维，大量堆积时则形成致密的网状，故有网状纤维之称。疏松组织中网状纤维比较少，它多分布在结缔组织与其它组织交界处，如在上皮组织与结缔组织交界处的基膜内，***周围以及造血***，内分泌腺的腺细胞团索和外分泌腺的腺末房周围等处均有丰富的网状纤维。
网状纤维的变化，反映了疾病的发生和发展的不同过程，对疾病的诊断有极大意义。网状纤维的多少、粗细紧密、疏松或断裂，都是病理检验的重要指标，尤其是在临床病理诊断中，可根据其存在和分布来鉴别*与肉瘤。所以网状纤维的组织化学染色，在临床病理诊断上占着相当重要的位置。 甘肃双色染色效果因脂肪溶于酒精，故在HE染色中则被溶解掉，因此对某些疾病不能判断，所以必须进行脂肪染色。
在切片染色到封片之前的过程中，乙醇是一个特别常用的脱水脱二甲苯的试剂。在二甲苯中脱蜡不完全的切片组织进入到乙醇中能看到明显的蜡渣沉积会对试剂造成污染，也会影响***制成切片的效果，在操作过程中要特别注意。
二甲苯可以洗去切片组织上的蜡，蜡块是将组织包块后进行切片的必要物质；二甲苯也作为切片染色流程全部完成后，帮助透明让染色图像更加清晰的试剂。
染液的作用：让切片充分的着色，不同的染色方法所使用到的染液和染色时间也各不相同，一般按照自己对实验目的的需要来选用比较好的染色方法或多重染色方法。
细菌特殊染色剂配方一、芽孢染液用此配方染色是用甲液染色后，用乙液复染。
甲液：取5克孔雀绿，加入少量蒸馏水，使它溶解后，用蒸馏水稀释到100毫升，即成孔雀绿染液。
乙液：取番红花红0.5克,加入少量蒸馏水，使它溶解后，用蒸馏水稀释到100毫升，集成番红花红复染液。
配方二、荚膜染液此配方先用甲液染色，后用乙液复染。
甲液：取结晶紫0.1克，溶于少量蒸馏水后，加水稀释到100毫升，再加入0.25毫升冰醋酸一结晶紫染液。
乙液：取硫酸铜(31.3克)，溶于少量蒸馏水后，加水稀释到100毫升，即成20%硫酸铜脱色剂。
配方三、鞭毛染液
甲液
饱和明矾溶液2毫升5%石炭酸溶液5毫升
20%丹宁酸溶液2毫升
乙液
碱性品红11克95%酒精100毫升
使用前取甲液9毫升和乙液1毫升相混，过滤即可。 苏丹Ⅲ染色法：将脂肪和细胞核染色，遇脂肪变橘黄色，细胞核呈蓝色。
弹力纤维染色应用：
（1）动静脉的辨认：在血管病变时是动脉还是静脉以及是否为血管壁难辨认时，弹力纤维染色有助于辨认。有弹力板者为动脉，有弹力纤维构成血管轮廓者为血管。弹力纤维抗损伤能力较强，故弹力性纤维构成血管轮廓不易损坏。
（2）弹力纤维瘤的诊断：弹力纤维染色可见瘤样病变内有大量弹力纤维增生，非真性**。
（3）心血管先天性弹力组织增生，这组疾病有先天性内膜炎及冠状动脉的弹力纤维组织增生。弹力纤维染色有助于诊断。
（4）弹力纤维损伤性疾病：这组疾病有肺气肿、***、大动脉中层炎症等，弹力纤维染色有助于这些疾病的观察诊断。
（5）一些与弹力纤维变化有关的皮肤疾病的诊断与鉴别诊断：这组疾病有皮肤松弛症，萎缩性硬化性苔藓等，其诊断与鉴别诊断常依赖于弹力纤维染色，以观察弹力纤维变化。 三氯醋酸三氯化铁法：将胆色素和其他物质染色；胆色素绿色，其他呈复染的红色和黄色。湖北masson染色评价
地衣红法：将HBsAg染色；HBsAg阳性呈棕色。天津天狼星红染色上机
植物相关常用染色方法（2）：油脂：在植物解剖学研究中，常用苏丹Ⅲ（或苏丹 IV) 溶液对脂肪性物质进行染色切片浸入上述溶液中 24h, 然后用 50% 的酒精洗涤，加上甘油后观察，油脂可被染成淡黄至红色，栓质和角质也同样被染色。如果细胞中存在硬脂或脂肪酸结晶时，染色十分缓慢，可稍加热。
单宁：单宁的化学结构比较复杂，它是一种多元酚的衍生物，大多呈胶体状态，存在于植物细胞的液泡中，或形成单独的液泡。将切片浸人 10% 的氯化铁水溶液中（或加－些碳酸钠），单宁物质则被染成蓝绿色。
橡胶：天然橡胶是异戊二烯的聚合物，植物组织中所含橡胶物质大多存在千乳汁管中，也有的存在于液泡中。对存在于乳汁管中的橡胶成分，可以用苏丹Ⅲ溶液染色材料应先用 10%铬酸 +70%酒精（使用前配制）固定 24h, 以使橡胶凝固，用刀片切去1-2mm, 而后徒手切片，于载玻片上加上苏丹Ⅲ或苏丹 Ⅳ溶液染色，乳汁管中的橡胶类物质被染成红色。 天津天狼星红染色上机
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