色素染色（含铁血黄素及黑色素）：
含铁血黄素是由漏出于血管外的红细胞，被巨噬细胞吞噬后，分解血红蛋白产生的颗粒，HE染色为棕黄色，故称为含铁血黄素。因有时与福尔马林沉渣及黑色素等难相区别，故做含铁血黄素染色。
应用：
主要用于同其它色素鉴别，若为阳性，显示陈旧性出血。黑色素常见于皮肤色素细胞，恶性黑色素瘤常可产生黑色素。组织内大量存在时呈棕黑色，易于鉴别。但少量存在时便难与其它色素相鉴别，须作黑色素染色。
黑色素瘤的诊断与鉴别诊断：**细胞内色素是否为黑色素，染黑色素有助于确定黑色素性质及**的定性诊断。
血色病与黑便病：皮革内有色素沉着，黑色素阴性而含铁血黄素阳性者可能为前者。 维多利亚蓝法：将HBsAg阳性，细胞核双重染色；HBsAg阳性呈蓝绿色，细胞核红色。吉林流式染色效果
实验室常用天然染料1、苏木精苏木精是从南美的苏木（热带豆科植物）干枝中用**浸制出来的一种色素，是**常用的染料之一。苏木精不能直接染色，必须暴露在通气的地方，使他变成氧化苏木精（又叫苏木素）后才能使用，这叫做“成熟”。苏木精的“成熟”过程需时较长，配置后时间愈久，染色力愈强。被染材料必须经金属盐作媒剂作用后才有着色力。所以在配制苏木精染剂时都要用媒染剂。常用的媒染剂有硫酸铝按、钾明矾和铁明矾等。苏木精是淡黄色到锈紫色的结晶体，易溶于酒精，微溶于水和甘油，是染细胞核的优良材料，他能把细胞中不同的结构分化出各种不同的颜色。分化时组织所染的颜色因处理的情况而异，用酸性溶液(如盐酸-酒精)分化后呈红色，水洗后仍恢复青蓝色，用碱性溶液(如氨水)分化后呈蓝色，水洗后呈蓝黑色。2、洋红洋红又叫胭脂红或卡红。一种热带产的雌性胭脂虫干燥后，磨成粉末，提取出虫红，再用明矾处理，除去其中杂质，就制成洋红。单纯的洋红不能染色，要经酸性或碱性溶液溶解后才能染色。常用的酸性溶液有冰醋酸或苦味酸，碱性溶液有氨水、硼砂等。洋红使细胞核的优良染料，染色的标本不易褪色。用作切片或组织块染都适宜，尤其适宜于小型材料的整体染色。 江苏双色染色方法高碘酸无色品红法：将脂褐素染色；脂褐素呈深紫色颗粒，粘液也呈深紫色。
实验室常用人工染料（6）亚甲蓝或美蓝：
亚甲蓝或美蓝是碱性染料，呈蓝色粉末状，能溶于水(溶解度9.5%)和酒精(溶解度6%)。亚甲蓝是动物学和细胞学染色上十分重要的细胞核染料，其优点是染色不会过深。
甲基绿：
甲基绿是碱性染料。它是绿色粉末状，能溶于水(溶解度8%)和酒精(溶解度3%)。甲基绿是**有价值的细胞和染色剂，细胞学上常用来染染色质，跟酸性品红一起可作植物木质部的染色。
用这些染料配备而成的染液有很多，例如：吕氏(Loeffer)碱性美蓝染液，齐氏(ziehl)石炭酸复红染液等。
冷冻切片HE染色步骤:（1）冰冻切片固定10～30s
（2）稍水洗1～2s
（3）苏木**染色（60℃）30～60s
（4）流水洗去苏木**5～10s
（5）1%盐酸乙醇1～3s
（6）稍水洗1～2s
（7）促蓝液返蓝5～10s
（8）流水冲洗15～30s
（9）0.5%曙红液染色30～60s
（10）蒸馏水稍洗1～2s
（11）80%乙醇1～2s
（12）95%乙醇1～2s
（13）无水乙醇1～2s
（14）石炭酸二甲苯2～3s
（15）二甲苯（Ⅰ）2～3s
（16）二甲苯（Ⅱ）2～3s
（17）中性树胶封固
注：第（14）步如果不用石炭酸二甲苯，可改用无水乙醇。
染色结果：细胞核蓝色，胞质、肌纤维、胶原纤维和红细胞呈深浅不一的红色。
注意事项：
切片脱水透明，切片经HE染色后，要彻底脱水透明，才能用中性树胶封盖。如果脱水不彻底，封片后呈白色雾状，镜下观察模糊不清，且容易褪色。切片1-2级无水乙醇脱水，也可使用石炭酸二甲苯进行脱水。石炭酸有较强脱水能力，但长时间可使切片脱色，因此要经过多次二甲苯以使石碳酸完全除去。 HE染色的适用范围:组织学、胚胎学、病理学教学与科研。
甲基绿派洛宁法：1、试剂配制：（1）2%甲基绿水溶液：甲基绿（methylgreen）1g蒸馏水加至50ml用三氯甲烷抽提，方法详后。（2）5%派洛宁水溶液：派洛宁G（pyronineG）1g蒸馏水加至20ml（3）醋酸盐缓冲液（pH）醋酸液41ml醋酸钠液59ml（4）甲基绿派洛宁染液：2%甲基绿水溶液（经抽提）5ml5%派洛宁水溶液1ml蒸馏水12ml醋酸盐缓冲液（pH）18ml2、操作步骤：（1）新鲜组织固定于Carnoy氏液（4℃）3~6小时，经95%酒精和无水酒精脱水，二甲苯透明，石蜡包埋。（2）切片经二甲苯脱蜡至蒸馏水。（3）置入甲基绿派洛宁染液于室温染30~60分钟。（4）取出切片，不经水洗，用滤纸吸干多余染液。（5）用**迅速分化。（6）转入**二甲苯（1:1）稍洗。（7）二甲苯透明2~3次。（8）中性树胶封固。结果：存在于胞质和核仁内的核糖核酸呈红紫色，胞核染色质内的脱氧核糖核酸绿色或绿蓝色。3、对照方法：（1）取另一连续切片用核糖核酸酶1mg/1ml于37℃温箱内消化3小时，蒸馏水洗后置入甲基绿派洛宁染液内染色。（2）切片在10%高氯酸于4℃处理12~18小时，水洗后用1%碳酸钠液中和2分钟，流水冲洗5分钟，再用蒸馏水洗后置入甲基绿派洛宁染液内染色。经上述方法之一处理后的切片就为阴性。 甲苯胺蓝法：将嗜铬细胞细胞质和细胞核染色；染色结果嗜铬细胞细胞质呈绿黄色，细胞核呈蓝色。云南番红固绿染色试剂
硝酸银染色法：将胃幽门螺杆菌染色；胃幽门螺杆菌棕黑或黑色，背景淡黄色。吉林流式染色效果
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