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特殊染色法为了显示与确定组织或细胞中的正常结构或病理过程中出现的异常物质、病变及病原体等，需要分别选用相应的显示这些成分的染色方法进行染色。包括：胶原纤维染色（Masson等）、网状纤维染色、弹力纤维染色、肌肉组织染色（磷钨酸苏木素）、脂肪染色（苏丹Ⅲ）、糖原染色（PAS）、粘液染色（PAS）等。
相关染液：苏丹Ⅲ、Ⅳ，甲苯胺蓝。
病理诊断：***硬化性疾病的观察。 高碘酸复红法：将***和红细胞双重染色；***紫红色，红细胞浅黄色。湖北多色染色评价
在切片染色到封片之前的过程中，乙醇是一个特别常用的脱水脱二甲苯的试剂。在二甲苯中脱蜡不完全的切片组织进入到乙醇中能看到明显的蜡渣沉积会对试剂造成污染，也会影响***制成切片的效果，在操作过程中要特别注意。
二甲苯可以洗去切片组织上的蜡，蜡块是将组织包块后进行切片的必要物质；二甲苯也作为切片染色流程全部完成后，帮助透明让染色图像更加清晰的试剂。
染液的作用：让切片充分的着色，不同的染色方法所使用到的染液和染色时间也各不相同，一般按照自己对实验目的的需要来选用比较好的染色方法或多重染色方法。 山东双色染色原理苯酚碱性品红法：使抗酸杆菌的糖脂蜡质与碱性品红结合形成复合物，从而使抗酸杆菌呈红色。
实验室常用人工染料（6）亚甲蓝或美蓝：
亚甲蓝或美蓝是碱性染料，呈蓝色粉末状，能溶于水(溶解度9.5%)和酒精(溶解度6%)。亚甲蓝是动物学和细胞学染色上十分重要的细胞核染料，其优点是染色不会过深。
甲基绿：
甲基绿是碱性染料。它是绿色粉末状，能溶于水(溶解度8%)和酒精(溶解度3%)。甲基绿是**有价值的细胞和染色剂，细胞学上常用来染染色质，跟酸性品红一起可作植物木质部的染色。
用这些染料配备而成的染液有很多，例如：吕氏(Loeffer)碱性美蓝染液，齐氏(ziehl)石炭酸复红染液等。
甲基绿派洛宁法：1、试剂配制：（1）2%甲基绿水溶液：甲基绿（methylgreen）1g蒸馏水加至50ml用三氯甲烷抽提，方法详后。（2）5%派洛宁水溶液：派洛宁G（pyronineG）1g蒸馏水加至20ml（3）醋酸盐缓冲液（pH）醋酸液41ml醋酸钠液59ml（4）甲基绿派洛宁染液：2%甲基绿水溶液（经抽提）5ml5%派洛宁水溶液1ml蒸馏水12ml醋酸盐缓冲液（pH）18ml2、操作步骤：（1）新鲜组织固定于Carnoy氏液（4℃）3~6小时，经95%酒精和无水酒精脱水，二甲苯透明，石蜡包埋。（2）切片经二甲苯脱蜡至蒸馏水。（3）置入甲基绿派洛宁染液于室温染30~60分钟。（4）取出切片，不经水洗，用滤纸吸干多余染液。（5）用**迅速分化。（6）转入**二甲苯（1:1）稍洗。（7）二甲苯透明2~3次。（8）中性树胶封固。结果：存在于胞质和核仁内的核糖核酸呈红紫色，胞核染色质内的脱氧核糖核酸绿色或绿蓝色。3、对照方法：（1）取另一连续切片用核糖核酸酶1mg/1ml于37℃温箱内消化3小时，蒸馏水洗后置入甲基绿派洛宁染液内染色。（2）切片在10%高氯酸于4℃处理12~18小时，水洗后用1%碳酸钠液中和2分钟，流水冲洗5分钟，再用蒸馏水洗后置入甲基绿派洛宁染液内染色。经上述方法之一处理后的切片就为阴性。 油红O脂肪法是显示组织内脂肪的染色方法，染料在脂肪内能高度溶解，可特异性的使组织内的中性脂肪着色。
色素染色（含铁血黄素及黑色素）：
含铁血黄素是由漏出于血管外的红细胞，被巨噬细胞吞噬后，分解血红蛋白产生的颗粒，HE染色为棕黄色，故称为含铁血黄素。因有时与福尔马林沉渣及黑色素等难相区别，故做含铁血黄素染色。
应用：
主要用于同其它色素鉴别，若为阳性，显示陈旧性出血。黑色素常见于皮肤色素细胞，恶性黑色素瘤常可产生黑色素。组织内大量存在时呈棕黑色，易于鉴别。但少量存在时便难与其它色素相鉴别，须作黑色素染色。
黑色素瘤的诊断与鉴别诊断：**细胞内色素是否为黑色素，染黑色素有助于确定黑色素性质及**的定性诊断。
血色病与黑便病：皮革内有色素沉着，黑色素阴性而含铁血黄素阳性者可能为前者。 美蓝染料***染色时，由于活细胞代谢过程中的脱氢作用，美蓝接受H后就由氧化转变为还原态，故表现出无色。湖北单色染色评价
Ziehl-Neelsen抗酸杆菌染色法：抗酸杆菌红色，背景灰蓝色。湖北多色染色评价
植物相关常用染色方法（2）：油脂：在植物解剖学研究中，常用苏丹Ⅲ（或苏丹 IV) 溶液对脂肪性物质进行染色切片浸入上述溶液中 24h, 然后用 50% 的酒精洗涤，加上甘油后观察，油脂可被染成淡黄至红色，栓质和角质也同样被染色。如果细胞中存在硬脂或脂肪酸结晶时，染色十分缓慢，可稍加热。
单宁：单宁的化学结构比较复杂，它是一种多元酚的衍生物，大多呈胶体状态，存在于植物细胞的液泡中，或形成单独的液泡。将切片浸人 10% 的氯化铁水溶液中（或加－些碳酸钠），单宁物质则被染成蓝绿色。
橡胶：天然橡胶是异戊二烯的聚合物，植物组织中所含橡胶物质大多存在千乳汁管中，也有的存在于液泡中。对存在于乳汁管中的橡胶成分，可以用苏丹Ⅲ溶液染色材料应先用 10%铬酸 +70%酒精（使用前配制）固定 24h, 以使橡胶凝固，用刀片切去1-2mm, 而后徒手切片，于载玻片上加上苏丹Ⅲ或苏丹 Ⅳ溶液染色，乳汁管中的橡胶类物质被染成红色。 湖北多色染色评价
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