Co-IP实验原理主要基于抗原-抗体特异性结合以及蛋白质-蛋白质相互作用。具体来说，当细胞在非变性条件下被裂解时，细胞内存在的许多蛋白质-蛋白质间的相互作用会被保留下来。实验中，利用靶蛋白的特异性抗体与靶蛋白结合形成复合物，然后通过免疫反应将复合物与固定在固相支持物（如琼脂糖珠或磁珠）上的亲和剂（如Protein A/G）结合。经过一系列的洗涤步骤后，可以去除非特异性结合的蛋白质，将目标蛋白质及其相互作用的蛋白质富集在固相支持物上。通过电泳、质谱分析等技术对富集的蛋白质进行分析，从而鉴定和定量相互作用的蛋白质。免疫共沉淀是研究蛋白质相互作用的方法，可用于确定候选或未知蛋白的相互作用，并可通过WB或质谱检测。山西CoIP WB
IP-Mass（免疫沉淀-质谱）实验流程主要包括以下步骤：样品制备：收集细胞或组织样品，并进行适当的裂解处理，以释放细胞内的蛋白质。免疫沉淀：将特异性抗体与目标蛋白结合，形成抗原-抗体复合物。随后，将复合物与固相载体（如磁珠）结合，通过洗涤步骤去除非特异性结合的杂质。洗脱：从固相载体上洗脱免疫沉淀得到的蛋白质复合物，以便进行后续的质谱分析。蛋白酶消化：将洗脱下来的蛋白质复合物进行蛋白酶消化，将其分解成小分子的肽段。质谱分析：将消化后的肽段进行质谱分析，通过测量肽段的质量和电荷信息，鉴定出蛋白质的种类和序列。数据分析：对质谱数据进行处理和分析，确定与目标蛋白相互作用的蛋白质，以及相互作用的可能性和强度。IP-Mass实验流程结合了免疫沉淀的高特异性与质谱分析的高灵敏度，能够准确地鉴定蛋白质相互作用，并为后续的功能研究和药物开发提供有力支持。湖南免疫共沉淀检测CoIP-WB检测Co-IP技术利用抗原抗体结合，研究蛋白质互作，揭示其功能机制的有力工具！
CoIP-Mass和CoIP-WB检测要点：
抗体关键质控：抗体特异性和亲和效价要求高，尽量采用标签抗体或经过CoIP效果验证的抗体。抗体质量参差不齐（WB能检测到预期条带不到1/2，能检测到良好结果的不到1/4）和存在非特异性结合（几乎所有的抗体都存在非特异结合，部分非特异结合条带远大于目的条带），CoIP-MS需做WB和CoIP-WB质控。初次和检测CoIP都需要做WB质控。正式CoIP可同时增加考染/银染质控。抗体可参考数据库（ValidatedAntibodyDB,)。
CoIP-Mass和CoIP-WB优劣势：优势：高通量获得目的蛋白的专属蛋白互作库。劣势：CoIP的蛋白库鱼龙混杂，包含目的蛋白的直接/间接互作蛋白，非特异结合，残留蛋白。常规理想IP-Mass项目可鉴定到1000-2000个蛋白，其中绝大部分是非特异性结合及清洗残留的背景蛋白，导致CoIP-Mass假阳性高，CoIP-WB验证成功率低，导致研发进展反复跌宕，时间和经费成本占用较大，严重影响士气。其次，项目受限于蛋白表达量和IP抗体有效性，达到理想状态的CoIP-Mass较难，同时分析门槛较高。因此，该项目成功实施，比较依赖成熟和有分析经验的团队。建议整包交给专业的服务商开展检测。Co-IP和ChIP实验对象有什么区别。
CoIP-Mass和CoIP-WB检测要点：
互作蛋白筛选和验证：数据分析以非标定量信号强度（LFQintensity和FC>10）作为强阳筛选，以文献查阅，功能匹配，批量CoIP-WB验证，提高验证成功率。理想CoIP-MS结果的蛋白定量都到超过1000种蛋白。其中绝大部分蛋白为非特异结合或背景蛋白。以目的蛋白的富集信号强度和差异倍数作为参考（相对强信号和差异），分析实验组中明显定量较高且差异较大的蛋白，作为重要候选蛋白。同时对重要候选蛋白进行STRING互作分析，文献分析，目的蛋白功能匹配分析，选择Top的4-5个蛋白进行CoIP-WB验证，提高CoIP-WB成功率。 CoIP实验内源检测与外源检测的优缺点。广西互作机制CoIP Western Blot检测
Co-IP技术虽广泛应用，但受抗体特异性、低丰度蛋白、样品制备和瞬时互作等限制，需结合其他方法验证！山西CoIP WB
免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation）是以抗体和抗原之间的专一性作用为基础的用于研究蛋白质相互作用的经典方法，是确定两种蛋白质在完整细胞内生理性相互作用的有效方法。其原理是：当细胞在非变性条件下被裂解时，完整细胞内存在的许多蛋白质－蛋白质间的相互作用被保留了下来。如果用蛋白质X的抗体免疫沉淀X，那么与X在体内结合的蛋白质Y也能沉淀下来。目前多用精制的prorein A预先结合固化在argarose的beads上，使之与含有抗原的溶液及抗体反应后，beads上的prorein A就能吸附抗原达到富集的目的。这种方法常用于测定两种目标蛋白质是否在体内结合；也可用于确定一种特定蛋白质的新的作用搭档。山西CoIP WB
