北京基因编辑技术脱靶检测方法

由于设计的sgRNA会与非靶点DNA序列错配，引入非预期的基因突变，即脱靶效应(Off-targeteffects)。脱靶效应造成了研究中的许多不确定性，这无疑限制了该技术的应用。因此，研究者希望能开发有效的方法来检测脱靶效应。在目前主流的脱靶效应评估方法中，有一种方法为GUIDE-seq，其原理是利用一种短的双链寡聚核苷酸（dsODN）标记CRISPR/Cas诱导的脱靶断裂，然后对标签所在的基因组区域进行高通量测序，通过生物信息学分析从而确定脱靶位点。利用该技术可以在基因组范围内检测CRISPR脱靶效应，从而改变了以往先预测假定脱靶位点再检测的思路；与其他的评估方法相比，GUIDE-seq更精确、更灵敏。内基因编辑技术可能造成的脱靶效应。北京基因编辑技术脱靶检测方法

持续ganran，有复制能力的病毒或细菌载体基因zhiliao产品，有可能在免疫能力低下的患者中发展为持续ganran，进一步增加发生迟发但严重ganran的风险。基因编辑活性，基因编辑等新型基因zhiliao产品有独特的基因组修饰功能，可诱导人类基因组中的位点特异性改变或修饰，同时也可能在基因组中发生脱靶效应，导致非预期的基因表达变化，进而增加未知且不可预测的迟发性不良反应风险。非预期的生物分布，某些基因zhiliao产品需要在特定的细胞或组织中表达以实现zhiliao目的，如果基因zhiliao产品在非预期的细胞、组织或qiguan中表达或修饰，可能引起非靶细胞功能、生长或/分化改变，甚至引发liu。江苏crispr/cas9脱靶检测评估脱靶检测服务，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检测效率高，结果准确率高。

改进Cas变体使用SpCas9和SaCas9 变体：已研发出诸如SpCas9-Nickase、dCas9 、dCas9–FokI、xCas9、Cas9-NG、evoCas9、SpCas9 – HFI、eSpCas9和Hypa-Cas9等多种Cas变体，可降低脱靶效应。改进的Cas9同源物具有更广的PAM功能和特异性：实验表明Cpf1、CRISPR-Cpf1-RNP可降低脱靶效应。CRISPR 递送方法：基于病毒的递送方法：腺病毒 (AdV) 显示出整合到靶细胞基因组中的微弱潜力，这一特征有利于限制脱靶效应。然而，AdVs 会引发免疫反应，目前还不能完全排除它与宿主基因组整合的可能性。非病毒递送方法：当sgRNA和Cas9以RNP复合物形式传递时，电穿孔显示植物原生质体中的脱靶突变数量很低。通过脂质体介导的转染传递RNP复合物显示，与质粒DNA转染相比，脱靶突变的发生率较小。

如何检测脱靶效应？在gRNA修饰中，截短的sgRNA是一种减少脱靶效应的简单方法，并且基于RNP的递送在大多数情况下适用于获得更高的目标活性。此外，选择合适的Cas变体对于减少脱靶效应也至关重要。但选择合适的脱靶检测工具，也是重中之重。脱靶预测结合PCR检测法，利用脱靶预测软件预测潜在的脱靶位点，PCR扩增预测的脱靶位点，利用直接测序或酶切法检测脱靶情况。操作简便、成本低偏倚性预测。全基因组测序，一种通过高通量测序检测脱靶突变的方法，需要选择适当的参考基因组过滤背景突变，数据比对分析获得含有PAM基序的潜在修饰位点，进一步基因扩增验证其突变情况。高通量全基因组范围检测可检测SNPs，Indels和染色体水平变化。脱靶检测安评，推荐唯可生物，实验实力强，专业性高，检测效率高，结果准确率高。

BLESS：利用生物素标签对DSBs进行原位标记，后经PCR扩增实现对于生物素标记片段的富集，并通过二代测序实现脱靶位点检测。直接检测细胞中的切割位点，灵敏度与细胞、组织密切相关。LAM-HTGTS，片段化的gDNA经过LAM-PCR引入接头，然后进行全基因组易位测序。高通量的全基因组范围检测，可准确检测DSBs引发的重排。GUIDE-Seq，将dsODN    s标签整合到DSBs位点，通过二代测序检测这些标签所在的基因组区域，从而确定脱靶突变的位置。广使用的细胞内检测方法。能检测低频脱靶突变。Digenome-Seq，片段化的gDNA与CRISPR/RNP混合孵育，进行全基因组测序检测脱靶。全基因组测序，直接检测切割位点，能检测低频脱靶突变。内基因编辑技术可能造成的脱靶效应,建立了一种被命名为GOTI。江苏crispr/cas9脱靶检测评估

针对已经获得的有切割能力的sgRNA，需要进一步明确其体内脱靶效应。北京基因编辑技术脱靶检测方法

碱基编辑器：CBE：胞嘧啶碱基编辑器(Cytosine base editor，CBE)，依赖于胞嘧啶核苷脱氨基酶，通过将胞嘧啶核苷脱氨转换为尿嘧啶核苷，尿嘧啶核苷在DNA复制和修复过程中会转换为胸腺嘧啶核苷，从而实现C到T的转换。已开发出四代CBE（BE1、BE2、BE3和BE4），由于BE3引起的脱靶效应相对较少，因此它已在动物（小鼠）、细菌和植物细胞中广用于编辑细胞的基因组成。腺嘌呤碱基编辑器(Adenine base editor，ABE)，依赖于腺嘌呤核苷脱氨基酶，通过将腺嘌呤核苷脱氨转换为次黄苷，然后在DNA复制和修复过程中会转换为鸟嘌呤核苷，从而实现腺嘌呤(A)到鸟嘌呤(G)的转换。新开发的碱基编辑器ABE8e，比ABE7.10增加了590倍的靶向活性。北京基因编辑技术脱靶检测方法