蛋白质的分离纯化工作较为复杂，从细胞中提取的蛋白质或从含有蛋白质的溶液中经过沉淀、梯度离心、盐析等方法得到的蛋白质经常含有杂质，要去除这些杂质，同时又要保持蛋白质的生物学活性，如酶的催化活性，就需要根据不同的蛋白质制定出相应的策略，采用不同的方法。电泳和色谱法是比较常用的方法，尤其是色谱法，对蛋白质的处理较为温和，又可大量制备有生物学活性的纯化蛋白质，因此是目前较广应用的技术方法。蛋白质的分离纯化工作较为复杂。
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疏水作用层析
疏水作用层析是利用盐-水体系中样品分子的疏水基团和层析介质的疏水配基之间疏水力的不同而进行分离的一种层析方法。该法利用了蛋白的疏水性，蛋白经变性处理或处于高盐环境下疏水残基会暴露于蛋白表面，不同蛋白疏水残基与固定相的疏水性配体之间的作用强弱不同，依次用从高至低离子强度洗脱液可将疏水用作由弱至强的组分分离。
疏水作用层析纯化蛋白
疏水作用层析实验操作成本低且纯化得到的蛋白具有生物学活性，是一种通用型的分离和纯化蛋白质的方法。该实验遵循“高盐上样，低盐洗脱”的原则：高浓度盐水溶液中蛋白质在柱上保留，在低盐或水溶液中蛋白质从柱上被活性蛋白整体方案Active Protein Solutions 洗脱，特别适用于浓硫酸铵溶液沉淀分离后的母液以及该沉淀用盐溶解后的含有目标产品的溶液直接进样到柱上，当然也适用 7mol/盐酸胍或 8mol/L 脲的大肠杆菌表达蛋白提取液直接进样到柱上，在分离的同时也进行了复性。 南京蛋白纯化参考价细胞内蛋白质大分子怎么分离纯化?
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蛋白纯化后为什么要结晶呢？结晶目的是什么？
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蛋白过镍柱纯化的过程中咪唑是哪部用的？上海全自动蛋白纯化系统
亲和层析亲和层析基于目的蛋白与固相化的配基特异结合而滞留，其他杂蛋白会流过柱子。本方法存在的问题是:单抗非常昂贵，而且也需先纯化;单抗与目的蛋白结合力太强.要用苛刻的条件来洗脱,这会使目的蛋白失活并破坏单抗;混合物中的其他蛋白如蛋白酶也可能破坏抗体或与它们非特异结合;某些单抗也会在纯化过程中从树脂上解离下来混入产物中，也需要从终产物中去除。亲和柱通常在纯化过程的后期应用,此时标本体积已縮小，大部分的杂质已经去除。谷胱甘肽S-转移酶(Glutathiones-transferase,GST)是**常用的亲和层析纯化标签之-，带有此标签的重组蛋白可用交联谷胱甘肽的层析介质纯化，但本方法有以下缺点:首先，蛋白上的GST必须能合适地折叠,形成与谷胱甘肽结合的空间结构才能用此方法纯化;其次，GST标签多达220个氨基酸,如此大的标签可能会影响表达蛋白的可溶性,使形成包涵体，这会破坏蛋白的天然结构，难于进行结构分析,有时即便纯化后再酶切去除GST标签也不一定能解决问题。
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