亲和层析亲和层析基于目的蛋白与固相化的配基特异结合而滞留，其他杂蛋白会流过柱子。本方法存在的问题是:单抗非常昂贵，而且也需先纯化;单抗与目的蛋白结合力太强.要用苛刻的条件来洗脱,这会使目的蛋白失活并破坏单抗;混合物中的其他蛋白如蛋白酶也可能破坏抗体或与它们非特异结合;某些单抗也会在纯化过程中从树脂上解离下来混入产物中，也需要从终产物中去除。亲和柱通常在纯化过程的后期应用,此时标本体积已縮小，大部分的杂质已经去除。谷胱甘肽S-转移酶(Glutathiones-transferase,GST)是**常用的亲和层析纯化标签之-，带有此标签的重组蛋白可用交联谷胱甘肽的层析介质纯化，但本方法有以下缺点:首先，蛋白上的GST必须能合适地折叠,形成与谷胱甘肽结合的空间结构才能用此方法纯化;其次，GST标签多达220个氨基酸,如此大的标签可能会影响表达蛋白的可溶性,使形成包涵体，这会破坏蛋白的天然结构，难于进行结构分析,有时即便纯化后再酶切去除GST标签也不一定能解决问题。
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缓冲液的更换虽然更换缓冲液不能提高蛋白纯度,但它却在蛋白纯化方案中起着极其重要的作用。不同的蛋白纯化方法需要不同pH及不同离子强度的缓冲液131。假如你用硫酸铵将蛋白沉淀出来,毫无疑问蛋白是处在高盐环境中，需要想办法脱盐,可用的方法有利用半透膜透析,通过勤换透析液体去除盐分，此法尚可，但需几个小时，通常要过夜，也难以用予大规模纯化中。新型的设备将透析膜夹在两个板中间，板的一侧加缓冲液，另一侧加需脱盐的蛋白溶液，并在蛋白溶液一侧通过泵加压 ，可以使两侧溶液在数小时内达到平衡，若增加对蛋白溶液的压力，还可迫使水分和盐更多通过透析膜进入透析液达到对蛋白浓缩的目的。也有出售的脱盐柱，柱内的填料是小孔径的颗粒，蛋白分子不能进入孔内,先于高浓度盐离子从柱中流出，从而使二者分离。蛋白纯化的每一步 都会造成目的蛋白的丢失，缓冲液平衡的步骤尤甚。蛋白会结合在任何它能接触的表面上,剪切力、起泡沫和离子强度的快速变化很容易让蛋白失活。
疏水性层析蛋白纯化系统是利用盐-水体系中样品分子的疏水基团和层析介质的疏水配基之间疏水力的不同而进行分离的一种层析方法。疏水性层析蛋白纯化系统正逐渐成为分离纯化蛋白质等生物工程产品有效的技术之一。单抗可以用来鉴定蛋白质的表达情况（如目的蛋白的相对表达量、分子量）、在细胞中的定位以及其它特性。疏水性层析蛋白纯化系统的优势在于：（1）N-端的疏水性层析与细菌的转录翻译机制兼容，有利于蛋白表达；（2）采用IMAC（固定化金属离子亲合层析）纯化融合蛋白操作更加简便；（3）对目的蛋白本身特性几乎没有影响，不会改变目的蛋白本身的可溶性和生物学功能；（4）非常小，一般不影响蛋白质的功能，且在融合蛋白结晶后对蛋白的结构没有影响；（5）免疫原性相对较低，可将纯化的蛋白直接注射入动物体内进行免疫并制备抗体；（6）与其它亲和标签构建成双亲和标签，并可应用于多种表达系统，纯化的条件温和；融合蛋白的适用范围也较广，既可以在非离子型表面活性剂存在的条件下纯化，也可以在变性条件下进行纯化。前者通常用来纯化疏水性强的目的蛋白，而后者则通常纯化包涵体蛋白。 蛋白质纯化技术的仪器是哪种？
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