随着技术的发展，双光子显微镜的性能得到不断地优化，结合它的特点，大致可以分成深和活两个方面的提升。要想让激发激光进入更深的层面，大致可从两个方面入手，装置优化与标本改造。关于装置优化，我们可以把激光束变得更细，使能量更加集中，就能让激光穿透更深。关于标本，其中影响光传播的主要是物质吸收和散射，解决这个问题，我们需要对样本进行透明化处理。一种方法是运用某种物质将标本浸泡，使其中的物质（主要是脂质）被破坏或溶解。另一种方法是运用电泳将脂质电解，让标本的“透明度”提高。双光子显微镜可以用于局部微蚀镭射磨皮后的胶原重塑的检测。国内激光荧光双光子显微镜用途
通过并行化不同激光波长的激光扫描，研究人员增加了在相同时间内可以成像的体积，同时保持了高的时间和空间分辨率。研究人员通过引入两种不同波长的钙信号荧光探针，将神经元群体的活动标记为两种不同的颜色，同时激发两种不同波长的探针，从而实现了两种颜色的并行数据记录。为了实现三维空间成像，研究人员还在两个激光束上配置了快速变焦系统，即一个电透镜和一个空间光调制器。因此，可以以10Hz的速度同时记录10个500微米和500微米的平面，覆盖600微米的深度，覆盖大脑皮层第二层到第五层的结构，体积内可以记录2000多个神经元。国外ultimainvestigator双光子显微镜成像视野优势来源于其双光子光源的非线性光学效应。
随着技术的发展，双光子显微镜的性能不断优化。结合其特点，大致可以分为两个方面:深入和主动改进。为了使激发激光进入更深的层次，可以从器件优化和标本改造两个方面入手。关于器件的优化，我们可以把激光束做得更细，集中能量，让激光穿透得更深。对于样品，物质的吸收和散射是影响光传播的主要因素。为了解决这个问题，我们需要将样本透明化。一种方法是用某种物质浸泡标本，使其中的物质(主要是脂质)被破坏或溶解。另一种方法是通过电泳电解脂类，从而提高标本的“透明度”。
双光子显微镜是激光扫描共聚焦显微镜和双光子激发技术相结合的新技术。双光子激发的基本原理是:在光子密度较高的情况下，荧光分子可以同时吸收两个波长较长的光子，经过短暂的所谓激发态寿命后，发射一个波长较短的光子；效果和用波长为长波长一半的光子激发荧光分子是一样的。双(多)光子成像的优点是具有更深的组织穿透深度，红外光可以在平面上探测到极限为1mm的组织区域；因为信号背景比高，所以具有更高的对比度；由于激发体积小，具有定点激发、光毒性小的特点；激发波长由紫外、可见光调整为红外激发，更加安全。双光子显微镜的性能得到不断地优化，结合它的特点，大致可以分成深和活两个方面的提升。
基因编码的荧光探针可用于在突触和细胞分辨率下监测体内神经元信号，这是揭示动物神经活动复杂机制的关键。双光子显微镜(2PM)可以对钙离子传感器和谷氨酸传感器进行亚细胞分辨率的成像，从而测量不透明脑深部的活动。成像膜的电压变化可以直接反映神经元的活动，但神经元活动的速度对于常规的2PM来说太快了。目前，电压成像主要由宽视场显微镜实现，但其空间分辨率较差，且只能在浅深度成像。因此，为了以高空间分辨率成像不透明脑中膜电压的变化，需要将成像速率提高2PM。面向模块输出端的子脉冲序列可视为从虚拟光源阵列发出的光，这些子脉冲在中继到显微镜物镜后形成空间分离和时间延迟的聚焦阵列。然后，该模块被集成到一个带有高速数据采集系统的标准双光子荧光显微镜中，如图2所示。光源是重复频率为1MHz的920nm激光器。FACED模块可以产生80个脉冲焦点，脉冲时间间隔为2ns。这些焦点是虚拟源的图像。虚光源越远，物镜处的光束尺寸越大，焦点越小。光束可以沿Y轴比沿X轴更好地填充物镜，从而在X轴上产生0.82m和0.35m的横向分辨率。双光子显微镜能够进行指标成像；美国双光子显微镜图像对比度
双光子显微镜能够进行光裂解、光转染和光损伤等光学操纵。国内激光荧光双光子显微镜用途
首先，双光子成像采用波长范围约在700~1000 nm的近红外光激发，在组织中的散射系数较小，穿透性很好，因此非常适合厚样本的观察。同时，由于是近红外光激发，也能避免样品中激发波长较短的自发荧光物质的干扰，可获得较强的荧光信号（如下图）。所以双光子成像具有较深的穿透力和较小的光毒性。通常在活物脑组织中双光子显微镜有效成像深度可达200~500 μm，能够较好地进行三维成像。双光子成像的另一大优势在于精确的空间点聚焦性。一般条件下，物质只会被单光子激发，只有在光子密度足够高的情况下，物质才会吸收两个光子从而被激发，所以，双光子只会在光子密度蕞高的物镜焦点附近发生，很少产生焦平面外的杂散光（如下图）。这种性质既提高了成像质量，也降低了样本的光漂白、光损伤区域。基于这些优势，使得双光子显微镜非常适合对活细胞、活组织进行长时间在体成像。国内激光荧光双光子显微镜用途
