特殊杂质是指在药物的生产和贮藏过程中，根据药物的能力和加工工艺而引入的杂质，如阿司匹林中的游离水杨酸，甲硝唑中的2-甲基-5-硝基咪唑等。杂质还可以分为信号杂质和有害杂质。信号杂质本身一般无害，但其含量的多少可以反映出药物的纯度水平，如含量过多，表明药物的纯度差，提示药物的加工工艺不合理或生产控制存在问题。氯化物、硫酸盐就属于信号杂质。有害杂质如重金属、砷盐等，对人体有危害或影响药物的稳定性，在质量标准中应严格加以控制，以保证用药安全。杂质具有一个或多个准确测量的特性量值。棕榈酸杂质
药物与杂质在物理能力上的差异，主要指药物与杂质在外观始分配或吸附以及对光的吸收等能力的差别；在化学能力上的差异，主要指药物与杂质对某学反应的差别，一般地，是杂质与试剂反应，而药物不反应。根据杂质的控制要求，可以进行量检查，也可以对杂质进行定量测定。制药企业应该按照经国家药品监督管理部门依法审查批准的规定工艺和规定原辅料进行药品的生产，如果变更加工工艺或原辅料，并由此而带进新的杂质，需对原质量标准进行修订。普瑞巴林杂质杂质内标物的出峰位置应该与被分析物质的出峰位置相近。
校正因子的应用同吸收系数的使用类似，需要具备一定的前提条件，比如相同的检测波长、分析方法、色谱条件等。需要注意的是，杂质的保留时间差别较大时，峰形及峰面积会有较大差别，对校正因子的校准作用也会产生明显影响，因此色谱峰的保留时间要相对恒定，质量标准需要对相关特定杂质的色谱峰规定相对保留时间的限定。对于特定杂质的控制，校正因子的研究和测定非常必要。评估杂质定量是否需要采用校正因子校正，校正因子能否起到有效的校准作用，首先要测定出校正因子，按照相关技术指导原则的要求评估是否需要校正，并提供相应的对比研究资料。
可据样品实际的杂质水平、安全性资料可支持的杂质水平，在被仿品质量标准基础上增订新的单一杂质限度。但仿制药总的杂质水平不应与被仿品有较大差距。对比研究结果确定限度：a.若在研药品杂质谱及杂质含量与被仿品有较大差异，应根据有机限度控制要求、样品实际的杂质水平、安全性资料可支持的杂质水平综合考虑，确定各特定杂质、其他未知杂质、总杂质的限度。b.若无法得到被仿品的质量标准，在研品杂质种类与仿制品相同，可将在研产品的杂质限度设定为已上市的同品种产品的杂质实测值的两倍以内。杂质的研究是一个持续的过程，应定期进行杂质的分析再确认，以确保药品安全。杂质的功能是检测药品是否符合质量。
杂质应依法向有关药品监督管理部门申报批准。在新药的研发中，应该对新药中的杂质进行检测和安全性研究。杂质检查项目的确定要有针对性。药品标准中的杂质检查项目，应包括药物在质量研究和稳定性考察中检出的，并在批量生产中出现的杂质和降解产物。所以，原料药和制剂中的杂质检查项目，均应根据其起始原料、加工工艺及稳定性情况确定。尤其是降解产物和毒性杂质，通常均作为必须的检查项目。除降解产物和毒性杂质外，在原料中已控制的杂质，在制剂中一般不再控制。杂质开封后要进行特殊处理。酮替芬杂质
杂质具有特殊的性质。棕榈酸杂质
为确保杂质测定结果的准确可靠，一般情况下，校正因子在0.9～1.1时可不予校正，直接采用不加校正因子的自身对照法定量；超出该范围，如采用主成分自身对照法的定量方式，须用校正因子进行校正，即“加校正因子的主成分自身对照法”以保证杂质定量的准确性；如校正因子在0.2～5.0范围以外时，表明杂质与主成分的UV吸收相差过大，校正因子的作用会受到明显影响，此时应改变检测波长等检测条件，使校正因子位于上述范围内，或使用结构或UV吸收与该杂质接近的另一标准物质为参照物质，重新确立校正因子；如校正因子仍无法调节至适当范围，需考虑采用杂质对照品外标法等适当的杂质方式定量。棕榈酸杂质
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