凡含量达到或超过0.1%的有机杂质均需进行定性鉴别。低于0.1%的杂质一般不需要定性，但有毒性或其他药效的杂质应考虑定性，杂质定性可依据以下程序进行。根据与对照峰的相对保留时间定性：在药典中有规定某杂质与对照峰的相对保留时间时，首先按照药典方法测定杂质与对照峰的相对保留时间是否与药典中规定的某杂质一致，如一致则此杂质可定性。 根据杂质标准品对照进行定性：根据保留时间确认产品中的杂质是否与杂质标准品属于同一种物质。杂质一般用于实验室中。醋酸钠杂质 6131-90-4
杂质谱与被仿品一致或杂质种类较被仿品少，但一个或多个已知杂质含量超过被仿品：这种情况下应当改进工艺，降低杂质的含量。已知杂质水平未超过被仿品，但出现含量超过鉴定限度的新杂质：首先鉴定新杂质的结构，分析产生新杂质的原因，通过改进工艺降低其含量至鉴定限度以下。若改进工艺仍不能降至鉴定限度以下，则要进行药理毒理等后续的研究，必要时应提供杂质安全性的试验研究资料。通常提供额外的安全性论证资料不如通过改进工艺把杂质水平控制在限度值以下更为简便。二苯甲酮杂质 119-61-9杂质的检验效率是很高的。
对于立体异构体杂质的检测普遍采用手性色谱法和高效毛细管电泳法等。手性高效液相色谱法，包括手性固定相法和手性流动相添加剂法（直接法）、手性试剂衍生化法(间接法），其中手性固定相法由于其一般不需衍生化、定量分析准确性高、操作简便等特点，在手性的药物的杂质检测中应用较多，缺点是每种固定相的适用对象有限制，需根据药物的结构特征选择合适的手性柱。对于立体异构体杂质检查方法的验证，立体专属性（选择性）和手性转化是实验考察的重点；
通常立体异构体杂质的出峰顺序在前，而母体药物在后，有利于两者的分离和提高检测灵敏度。另外，由于手性色谱法不能直接反映手性的药物的光学活性，需要与旋光度或比旋度测定相互补充，以有效控制手性的药物的质量。由于色谱法杂质限度检查受色谱参数设置值的影响较大，有关操作注意事项应在起草说明中写明，必要时，可在质量标准中予以规定。杂质限度的制订应考虑如下因素：杂质及含一定限量杂质的药品的毒理学研究结果；给药途径；每日剂量；给药人群；杂质药理学可能的研究结果；原料药的来源；疗养周期；在保证安全有效的前提下，药品生产企业对生产髙质量药品所需成本和消费者对药品价格的承受力。医药杂质在低温下，可在较长的时间内保持稳定。
杂质是通常立体异构体杂质的出峰顺序在前，而母体药物在后，有利于两者的分离和提高检测灵敏度。另外，由于手性色谱法不能直接反映手性的药物的光学活性，需要与旋光度或比旋度测定相互补充，以管用控制手性的药物的质量。由于色谱法杂质限度检查受色谱参数设置值的影响较大，有关操作注意事项应在起草说明中写明，必要时，可在质量标准中予以规定。杂质限度的制订应考虑如下因素：杂质及含一定限量杂质的药品的毒理学研究结果；给药途径；杂质在检验中有着出色的发挥。白藜芦醇杂质 501-36-0
医药杂质适用于检验室的规范管理。醋酸钠杂质 6131-90-4
杂质与生产器皿的接触也会不同标准地引入重金属及砷盐等。例如，用水杨酸为原料合成阿司匹林时，由于反应不完全，可能引入水杨酸杂质。从植物原料中提取分离药物，由于植物中常会含有与产品化学结构及能力相似或不相似的物质，在提取过程中分离不完全而引入产品中。如从阿片中提取物质时，从原料中可能引入其他生物碱。在药物生产过程中常需加入试剂、溶剂或催化剂，由于溶解度、吸附、吸留、共沉淀、混晶生成等原因，不可能完全除去，使产品中存在有关杂质。醋酸钠杂质 6131-90-4
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