有研究发现，杆状病毒表达载体体系BEV生产的rAAV发生了与293生产体系不同的衣壳蛋白翻译后修饰（post-translationalmodifications,PTMs）。这一差异是否会影响载体趋向性和转导效率还需要进一步验证。除此之外，杆状病毒多重infection会导致载体蛋白VP1、VP2和VP3比例不一致。尽管如此，BEV/Sf9系统仍然是一种颇有吸引力的大规模临床级载体生产策略。随着以后对基因药物需求的增加，AAV载体的需求量也会与日俱增，而BEV系统能够降低AAV的成本，未来还是很有发展潜力的。US FDA指南要求：重组生物制品终产品中，核酸杂质含量低于10ng/dose。四川上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202
杆状病毒表达载体体系Baculovirus/Sf9(Baculovirusexpression vector，BEV)，是应用杆状病毒表达载体(BEV)系统infect昆虫细胞Sf9，是一种替代哺乳动物包装细胞系的生产方案。整个系统包含两种BEV，其中一个BEV携带两侧有ITRs的目的基因，另一BEV则携带rep/cap基因。这两种BEV同时infectSf9即可组装AAV。由于杆状病毒具有辅助功能，因此BEV系统与可以稳定表达rep的Sf9细胞相结合，可用于灵活的、高滴度的大规模载体生产。BEV体系安全性好,infection效率高,生产工艺较之sTT更易放大，有更高的体积生产率优势。天津上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202SAN HQ高盐核酸酶的检测标准，都符合USP-EP要求。
氯化铯(CsCl)/碘克沙醇密度梯度离心大概是经典的AAV纯化技术了。这种技术适用于所有血清型且分辨率高，但是因生产工艺很难放大，低通量等缺点阻碍了其在工业中的应用。继密度梯度离心之后，色谱法不断发展，并逐渐成为一种成熟的、主流的方法。色谱法通过载体的净电荷、疏水性、对配体的亲和性、大小以及其他性质来分离并纯化载体。这类技术有诸多的优点：更具可扩展性和成本效益，可多次重复使用，可并行运行或串联运行，还可有效去除非定植剂，这是开发后期的一个关键方面。
残留的宿主DNA是生产中产生的杂质，其存在潜在的致瘤性、传染性和免疫原性等风险。相关研究表明，基因的大小普遍在200bp以上，因此大于200bp有可能会有一定的致病性，而且残留DNA片段越大，生物制品的风险等级越高。因此，各国监管机构对其提出了严格要求。美国食品药品监督管理局（FDA）在《关于人类基因zhiliao新产品生产指导文件》中明确指出HCD的片段要小于200bp。2022年5月，国家药品监督管理局药品评审中心（CDE）发布的《体内基因药物产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》中也明确指出需对DNA残留量和残留片段大小进行控制，建议尽量将DNA残留片段的大小控制在200bp以下。使用Benzonase时，不能把载体表面的DNA去除彻底，因而不能阻止纯化的病毒载体聚集。
基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。SAN HQ高盐核酸酶在盐浓度400-650mM条件下活性达到峰值。江苏进口生物试剂高盐核酸酶70921-150
ArcticZymes于2005年在Olso证券交易所上市，精于规模化生产独特特性的酶产品。四川上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202
综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。四川上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202
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