为了获得更高的产量，人类在农田里连续和大量使用了化肥和农药。农田土壤中的有机质匮乏，微生物种类和数量大幅度减少了，其中也包括一些能够压制土传病害的有益微生物，如放线菌、木霉菌、芽胞杆菌等。另一方面，许多危害植物的病菌在病残体中更容易越冬。如果土壤中缺少腐生细菌，植株秸秆不能很快腐烂，病菌也就有了更多的存活机会。也正因为以上原因，近来枯萎病、纹枯病、根腐病、立枯病等日益猖獗。解决土传性的病害的两种策略1继续加强化学或物理的杀灭措施尽可能给作物创造一种无菌的条件。这是比较难的，因为土壤的结构和理化特性比较复杂，有许多因素影响灭菌效果；即便暂时能够做到，但一旦有新的病菌进入，由于缺乏自然压制能力，就会迅速成灾。2增加农田土壤微生物种类和数量创造一个合理、平衡、稳定的微生物区系并依靠他们之间的竞争、占位、重寄生等关系，压制病菌的滋长。实践证明这是持续防治病害的合理策略。压制土传病害一方面需要不断增加土壤有机质，包括农家肥（厩肥、堆肥）、工厂化生产的有机肥、秸秆还田和种植草苜蓿等绿肥作物。有机质不仅蕴涵丰富的营养物质，使土壤形成团粒结构，还是培养各种微生物的基质。除了适合的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和氮含量也会影响菌肥效果。江苏正规生物菌肥技术指导
与化肥混施。有些菜农认为，菌肥不能与化学肥料混用。混用后，高浓度的化学物质就会杀灭菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。殊不知菌肥中养分含量很少，单独使用很难满足作物生长需求。菌肥可与化肥混合使用。如过磷酸钙等施入土壤后易被固定，与生物有机肥混合施用，可减少养分固定、流失。而且单独施用较大量的化肥或化肥施用不均匀时，容易对作物产生毒副作用，如果与菌肥混合施用，则会减少此类问题发生。要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。天津通常生物菌肥厂家供应针对大田作物，如水稻、玉米、小麦等，建议选择复合微生物肥料。
俺家的樱桃产量与去年相比提高了三分之一,品质也得到了极大改善。”在冠县崇文街道吉固村樱桃种植户任学帮的家里,他指着院子角落处一个白色塑料桶说。任学帮种植樱桃已有8年时间,长时间的连作以及施肥不当,导致樱桃地里的土壤土传病害严重,部分果树的长势也一年不如一年,令他头疼不已。“就在今年年初,俺听说正在推广的生物菌肥能改善土壤质量,提高果树的健康程度。于是,就找到了县科协,买了他们研制的菌种,在**的指导下自制了生物菌肥。”任学帮说,令他没想到的是,小小的生物菌肥竟然“搞定”了困扰他很久的土传病害顽疾。今年开春,任学帮施用了生物菌肥后,樱桃地土壤质量得到明显改善,樱桃树也较往年健壮,叶片色深肥厚。“樱桃成熟后,口感和色泽都要比其他没用生物菌肥的要好,价格自然卖得更高,产量也较普通种植户提高了三分之一。”任学帮说,今年他家的五亩樱桃收入5万余元,比去年增加了一倍。“冠县地处黄河古道,有着悠久的果树种植传统。但正是因为长期的连续种植,大量施用无机肥,导致土壤板结严重,并刺激土壤中有害菌生长。同时,由于种植户长期习惯生粪直接入地,也导致了土壤里有害菌增多。”冠县科协副主任陈振旭介绍说,县科协自2009年起开始实施“爱园沃土工程”。
生物菌肥根据其作用不同，又可分为5类：有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。丰富的有机质还可以改良土壤物理性状，改善土壤团粒结构，从而使土壤疏松，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发育，为农作物提供适合的微生态生长环境。土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。
当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。分不清使用的是菌剂还是菌肥微生物菌剂是指目标微生物(有益菌)经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用。增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。生物有机肥是指目的微生物经工业化生产增殖后与主要动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。建议大家在使用生物菌肥的时候要沟施、穴施，这样才能充分保证菌肥的活性。黑龙江常规生物菌肥技术指导
当前肥料品类繁多，从各种化肥、复合肥到各种有机肥、生物菌肥、多肽酶肥、有机无机肥等，五花八门。江苏正规生物菌肥技术指导
微生物的秘密：有人问：凭什么把微生物肥料说的那么好？到底好在那了？答：“你可知道沙漠和良田的区别在哪里吗？”它的主要区别是良田里有有机质和微生物。我们常说，没有有机质，就没有肥沃的土壤。有机质对农作物是极其重要的，是农作物的重要营养来源。而土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质，是**丰富*****的植物营养来源。同时，微生物与根系、根际土壤一起组成了农作物的‘肠胃’，很多有益微生物与根系形成互补共生关系，在农作物各种营养的转化和吸收过程中，发挥主要作用，矿物质元素多数依靠微生物的活动变为农作物可吸收的状态。而且有益微生物是农作物的卫士，协助抵抗病虫侵害。”江苏正规生物菌肥技术指导
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