菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。中国澳门经济型生物菌肥技术指导
当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。分不清使用的是菌剂还是菌肥微生物菌剂是指目标微生物(有益菌)经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力，维持根际微生物区系平衡，降解有毒、有害物质等作用。增加植物养分的供应量或促进植物生长，改善农产品品质及农业生态环境；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质复合而成的活菌制品。生物有机肥是指目的微生物经工业化生产增殖后与主要动植物残体(如畜禽粪便、农作物秸秆等)为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。中国香港生物菌肥咨询报价减轻农作物的病害，提高化学肥料的利用率，终提高产量，减少化肥、农药对农产品及土壤的污染。
有机肥与生物菌肥的区别①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，于各种常用化肥·有机肥配合使用，提高肥料的利用率，增产增收效果.
误区4：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后成为优势菌群，但外部环境的改变会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持其地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。误区5：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题少数用户缺乏对症用菌的意识，选购产品时只注重是否含菌，而不关注菌的种类，使用不对症的菌品种后，达不到所需目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有9种，具有不同的功能，要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。误区6：超过保质期使用就没有效果国家标准规定，“农用微生物菌剂产品”及“有机物料腐熟剂产品”液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。近几年， 随着“绿色农业”的兴起和发展，重视农产品的品质，生物肥料的生产和发展也越来越受到人们的重视。西藏口碑好生物菌肥价格实惠
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有机肥存在粉剂和颗粒之分，生产颗粒有机肥有的也的确要经过高温，但是请注意：高温生产颗粒生物有机肥的工艺，并不是把菌种添加放在高温环节之前，而是放在高温环节之后。也就是在经过高温成粒之后，再将微生物菌剂喷在颗粒表面，这样做就保证了颗粒生物菌肥既成粒，又保持了菌种的存活率。另外，颗粒菌肥有的生产工艺并不需要经过高温，比如圆盘造粒、挤压造粒等。这些物理造粒工艺，是将微生物菌直接添加在粉状有机物中，成粒后并没有破坏微生物菌的活性。造粒后再加菌、加菌后不经过高温进行物理造粒，都是完全可行的、成熟的工艺，不存在颗粒状微生物菌剂是假的，粉状微生物菌剂是真的这样的说法。中国澳门经济型生物菌肥技术指导
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