化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅只需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。
但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。江西湿地生物菌肥品质保障
适量施用土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。辽宁常规生物菌肥价格便宜土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。
菌肥是“土壤的清洁师”微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。菌肥是“土壤的治疗师”土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌***，***病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行“***”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。5，菌肥是“土壤的营养师”微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。
1、微生物菌剂施用时间一般为清晨或者阴天。微生物菌剂中的芽孢杆菌不能在阳光下直射，会使其繁殖、代谢等活动受到影响，甚至会是去活性，一定要避免在炎热高温的天气使用。2、微生物菌剂对土壤条件要求比较严格，像土壤水分含量、有机质含量、以及pH值的大小都会影响其作用的发挥。一般菌适宜生存在含水量60%-70%的土壤中，所以施用后应立即浇透水，菌肥和有机肥混合施用，可以明显提高土壤中有机质的含量。3、微生物菌剂不应该长期放置，应该随用随买；使用前应该存放阴凉干燥、通风处，避免受热、受潮以及阳光直射；肥料开口后应一次用完，否则会导致其他菌进入，污染肥料中的菌。4、微生物菌剂不要与能够杀死有益菌的物质一同使用，菌剂因为里边含有大量的有益活菌，所以严禁与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥(如硫酸钾等)以及稻草灰混合用。因为这些农药或者肥料中的物质会很容易造成菌的失活，导致其失去效果。如果要施用的话，应**少间隔48小时后再用。 5、微生物菌剂不能随意混合化肥施用。虽然菌可以与化肥、有机肥等混合施用，但是这并不意味着可以随意混合。当化肥中氮磷钾等元素的总含量超过7%时就会在很大程度上***菌的活性。 长期以来，社会上对微生物肥料的看法存在一些误解和偏见。
选购生物菌肥时，要注意其是否过了产品保质期，一般超过生产日期1年的生物菌肥活性会显着降低。再看有无农业部登记证，正规的厂家生产的产品都有农业部登记的证明。还要看包装袋上标明的活菌数量是否符合国家规定（国家规定生物菌剂有效活菌数≥2亿/克，颗粒状的≥1亿/克，复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克）。不合格的生物菌肥绝不购买。 生物菌肥可以单独使用，但比较好是与经过充分腐熟的有机肥混合使用，其效果要远好于单独施用有机肥或生物菌肥。生物菌肥不宜与化肥直接混合使用，高浓度的化学物质对生物菌肥里的微生物有毒害作用，尤其要注意不应将菌肥与含硫的化肥（如硫酸钾等）及草灰混合用，因为这样的肥料更容易杀死菌肥里的有益菌。据国家前环保部部长陈吉宁介绍，据保守估计，目前我国大约有1/5的农地被污染。安徽便宜生物菌肥批发价格
除了适合的土壤温度和湿度外，土壤中的有机质含量和氮含量也会影响菌肥效果。江西湿地生物菌肥品质保障
不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。超过保质期使用就没有效果国家标准规定，“农用微生物菌剂产品”及“有机物料腐熟剂产品”液体制品保质期为3个月，粉剂及颗粒制品为6个月。超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。少数用户缺乏对症用菌的意识，选购产品时只注重是否含菌，而不关注菌的种类，使用不对症的菌品种后，达不到所需目的。现阶段在农业部获得登记的微生物品种有9种，具有不同的功能，要结合需求、菌种特点、菌种功能选用对症的产品。江西湿地生物菌肥品质保障
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